En 1596 sus superiores le anunciaron que ya se podía ordenar sacerdote. Como no había obispo en Filipinas, la ordenación sería en la capital de México, su ciudad natal.

Con ese fin se embarcó junto con otros franciscanos en el galeón San Felipe, pero una tempestad desvió el barco y naufragó en las costas del Japón en noviembre de 1596.

Felipe interpretó el naufragio como una señal de Cristo a favor de la conversión de Japón.

El 3 de enero de 1597, en Meako, se les cortó a los reos cristianos la mitad de la oreja izquierda y, de tres en tres, fueron llevados por la ciudad en carretas, precedidas por el edicto del emperador, quien había prohibido el cristianismo.

San Felipe de Jesús y sus compañeros fueron llevados hasta Nagasaki, en la isla Kyushu, donde había gran presencia de católicos.

Allí, en una colina fueron dispuestos los mártires ante las cruces que les habían preparado.

El 5 de febrero de 1597 fueron crucificados 26 mártires.

Entre ellos había franciscanos, jesuitas y laicos.

A Felipe de Jesús, ya crucificado, los japoneses lo mataron al modo acostumbrado: dos lanzas atravesaron sus costados, y cruzándose en el pecho salieron por sus hombros.

Así murieron todos, Felipe fue el primero.

Hoy es venerado en todo el país, aunque en Colima y Villa de Álvarez es considerado una figura protectora. Fue canonizado en 1862.

Por eso, los fieles se encomiendan a él en época de desastres naturales.

Además, en su honor se realizan las tradicionales Fiestas Charro-taurinas de Villa de Álvarez.



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